與公司制企業的區別：

農民專業合作社與公司制企業的主要區別，是勞動與資本在組織中的地位和權利不同。合作制企業的理論依據是，在合作制企業中，資本的結合是由人的結合派生出來的，資本的結合是以人的結合為前提的，資本與人相比，人處于主導地位，人利用、支配和使用資本，人的權利大于資本權利。公司制企業的理論依據是，在公司制企業中，人的結合是資本結合派生出來的，人的結合要以資本的結合為前提。資本與人相比，資本處于主導地位，資本權利大于人的權利。

由此派生出以下區別：

第一，投票權和收益分配的依據不同。合作社中，社員擁有一人一票的權利，盈余分配的主要依據是社員的惠顧額，資本報酬適度。公司制企業中,股東地位以出資額為依據，股東按投入公司的資本額享有資產收益、重大決策和選擇管理者等權利，每一股份有一表決權。

第二，組織方式不同。合作社的所有者、經營者、成員惠顧者是同一的，三者不分離。公司制企業的所有者與經營者是分離的，所有者對經營者的權力控制，需要嚴格的公司治理結構來解決。

第三，價值取向不同。合作社對成員不以營利為目的，對外營利也是為了成員的利益。公司以謀求資本利潤最大化為目的。

第四，合作社的“退社自由”原則與公司制企業不同。合作社成員可以退社，但出資額不轉讓。公司制企業的股東在公司登記后，不得抽回出資但可以轉讓。

第五，在注冊登記條件、內部治理結構等方面，公司制企業比合作社嚴格、復雜。

與社區性集體經濟組織的區別：

農民專業合作社與社區集體經濟組織在產權關系、治理結構、分配制度等方面有明顯的區別：

第一，社區集體經濟組織的財產關系是單一的集體所有制，這種集體財產是“共同共有”還是“按份共有”，在人民公社時期是不清楚的。農村改革以后，一些地方對社區集體經濟組織財產關系的改革仍在探索。農民專業合作社的財產關系一開始就是清晰的，社員的出資及增值收益始終是社員個人的權益，如果合作社破產或解散，社員享有的財產份額仍然可以退還。

第二，社區集體經濟組織的內部治理機制不民主。農民專業合作社是“民主控制”，控制程序也是民主的，內部治理機制是通過法律和章程規定的。

第三，社區集體經濟組織的分配重視勞動過程，實際上搞成了“大鍋飯”。農民專業合作社的分配重視勞動結果，體現了多勞多得。

該合作社模式借助“物權”關系助力合作社的發展，幫助合作整合土地資源和發展資金。

案例：花荄鎮太平村壯源貢呈種養合作社的試點中，積極探索“農戶+村組+企業”共商模式，逐一理清物權關系。同時以村民小組為單位成立物權合作社，農戶將自己的空閑房屋、林地、塘堰等經村民小組登記后，召開村民小組會議進行認定后，由組物權合作社按照“物權”的數量、資源的實際價值提出“物權合作社的總價值”按股份入股合作社，由農戶、村組、合作社共商簽字認可，理清物權關系。

壯源貢呈種養合作社也要按照協議對村組進行盈利分紅，再由村組按認定價值支付農戶紅利。村民入股合作社，合作社分紅于村民，不僅給合作社帶來穩定的發展環境，也給村民帶來可持續性收入，形成農業增效、農戶增收的良性循環，由點及面，影響更多村組接納、采用“物權合作社”的新模式。